Durch die thermische Wirkung gehört die Ultraschalltherapie zu einem der wirksamsten Tiefenerwärmungsverfahren der Physiotherapie. Ihr Vorteil besteht darin, dass Haut- und subcutanes Fettgewebe, aber auch die Muskulatur die Ultraschallenergie nur in relativ geringem Maße absorbieren. Tiefe Gewebestrukturen wie Gelenkkapseln, Sehnen, Knochen können dadurch auf therapeutisch wirksame Temperaturen erwärmt werden. Sekundärwirkungen der Wärme können sein: Durchblutungsverbesserung, Resorptionssteigerung, Schmerzlinderung, Muskeldetonisierung, Spasmenlösung, Viskositätsverbesserung der Gelenkflüssigkeit u.a..
Es können reperative und regenerative Wirkungen auf Weichteil- und Knochengewebe entstehen.